제1차 왕자의 난 이후 즉위한 정종은 1399년(정종 1년)에 옛 고려의 수도인 개경으로 수도를 다시 옮겼다. 그러나 정종의 뒤를 이어 즉위한 태종은 한양으로 재천도를 결정했다. 재천도를 위한 사전 작업으로 태종은 향교동에 이궁(移宮) 건설을 명해 1404년(태종 4년)에 공사를 시작하여 1405년(태종 5년)에 완공했다. 그 궁이 바로 창덕궁이다. 그러나 한양에 이미 경복궁이 있는데 굳이 새 이궁을 짓는 것은 태종이 경복궁에서 머물기 싫다는 의미였다. 조선시대 임금들은 이러한 양궐 체제(兩闕體制)의 두 궁 사이를 오가며 번갈아가며 거주한 경우가 많았다.


창덕궁은 건물들이 지형을 따라 자유롭게 흩어져 배치되어 있는 궁이다. 심지어 궁궐의 정문과 정전이 완전히 틀어져 있다. 이렇게 된 이유는, 창덕궁의 지형이 주변 언덕과 어우러지고자 했으며, 특히 창덕궁 바로 남쪽에 위치한 종묘의 지맥을 훼손하면 안 되었기 때문이다. 이러한 배치는 다른 동양 궁궐에서는 찾아보기 힘들며, 그래서 창덕궁은 한국만의 독특한 궁궐 건축 배치를 보여주는 궁이라 할 수 있다.